El domingo, luego de la detención de tres personas y un intenso rastrillaje, los intervinientes encontraron un cuerpo calcinado en una zona boscosa, que por las características físicas, presumiblemente se trate de la pequeña. El principal sospechoso del hecho fue identificado como Héctor Eduardo Martínez Núñez, de 25 años, quien confesó haber matado a la niña.

En poder del hombre se encontró el vehículo que habría sido utilizado para el rapto. También se detuvo a la madre del sospechoso, Limpia Concepción Núñez Goiburú y Elvio Ovidio Carozo Cristaldo, de 32 años.
En cuanto al móvil del hecho, primero trascendió la versión que se trataría de un ritual satánico, pero con el trascurrir de la investigación, se supo que el hombre mantuvo una relación sentimental con la tía de Naidelin y que luego de varios hechos de violencia, la mujer decidió separarse e incluso establecer una orden de alejamiento debido al hostigamiento constante. La Policía no descarta que se haya tratado de una venganza.
El médico forense de la Fiscalía de Ciudad del Este, Eduardo Cano, señaló que tomaron muestras dentales y algunos restos intestinales para determinar la identidad. Por el avanzado estado de calcinación no se pudo determinar el sexo ni la causa de muerte, pero sí que el hecho se consumó recientemente, debido a que en el sitio todavía persistía el olor a quemado.
Además la talla del cuerpo y los restos de comida encontrados corresponden a lo que la niña consumió en las últimas horas, además de que la causa de muerte habría sido asfixia con un cable liado por el cuello, como confesó el presunto autor. Aun así se debe esperar la confirmación o no por parte de los estudios de ADN que estarán en 45 días.
Las agentes fiscales Antonia Vanesa Candia y Estela Marys Ramírez, de la Unidad Regional de Minga Guazú, presentaron imputación contra Héctor Eduardo Martínez Núñez por el hecho punible de Homicidio Doloso. Según el escrito de imputación presentado por las agentes fiscales, existen suficientes indicios en contra de Martínez y que apuntan a que efectivamente habría tenido participación, cuyo grado se investiga.
Las investigadoras presumen que existe peligro de fuga u obstrucción por parte del ahora imputado, ya que los hechos ocurrieron con suma violencia y desprecio por la vida ajena lo que podría influir negativamente en los testigos. Por ello, solicitaron que el Juzgado Penal de Garatías decrete su prisión preventiva.